1206年蒙古国建立后的三次西征，给各国人民及本国人民带来严重灾难，但也开通了东西方交通的宽阔大道，在客观上对与阿拉伯医药交流的发展增加了很大便利。同时，为适应自身生存与军事扩张的需要，蒙古军队对包括医生在内的各种匠艺人员采取了一定程度的保护措施。蒙古统治者在所征服的地区征召医生为自己服务，这样，在当时蒙古最高统治者周围就逐渐集聚了一些著名的中外各族医生，如为蒙古太组成吉思汗(1206～1227年在位)服务的就有信奉景教的回回医生，诸多域外回回医生以医药服侍于蒙古统治者，这本身就是中国与阿拉伯医药交流的一种体现。而且，按照常理，回回医生与汉族医生既然同时服务于蒙古统治者，相互之间应该有直接接触，也可能进行过某些医药方面的交流活动。
　　在当时来往的一些使节中，世颇有本身即为医生或留意于医药者。如1254年由鲁本国(今日土耳其)派遣东往觐见蒙古宪宗蒙哥的使节叔札乌丁，就是一名医师，其后不久，有中国使节常德自和林(即哈喇和林，窝阔台于1235年建为蒙古国国都，今蒙古人民共和国厄尔得尼召北)西行觐见旭烈冗，由刘郁撰《西使记》记其事，书中记载了一些关于回回医药的见闻，增加了当时中国人对回回医药的认识。书中所载的阿只儿、阿息儿、奴哥撒儿三种回回药物，后来《本草纲目》即据以收录。
　　忽必烈统治时期(1260～1294)，继承并扩大了成吉思汗以来所推行的重视医学，积极对外开放以及对各种宗教采取的兼容并蓄、广事利用等政策，使中国与阿拉伯的医药交流得到了较大的发展。
　　元廷专设有“西域侍卫亲军”等主要由回回人组成的侍卫部队，为了满足大量回回军士的医疗需要，以及处理回回药物的输入等有关事宜，忽必烈时期先后设立了西城医药司、京师医药院、广惠司、大都(忽必烈定为元都，今北京)与上都(即开平，元夏都。今内蒙正蓝旗东)回回药物院及回回药物局等6个回回医药专门机构，这些机构的创始者是来自叙利亚西部的拂林(东罗马帝国)人爱薛(‘Isa,1127～1308)。爱薛是唯一在《元史》中立有专传的回回医家，他及其家人在元代为回回医药在中国的传播起有重要作用。
　　除了回回医药专门机构外，在太医院、典医监等中国传统的医药机构中，也先后有野里牙(爱薛长于)、铁树、曲抠等多名回回人土人仕并担任领导工作，说明回回人士在元代医政机构中的影响是较为广泛的。全国统一后，中外交通一度极为畅通，出现中外各民族的大迁徙和广泛的民族杂居现象。除在元廷任职外，还有很多回回医生散居中国各地，在民间行医或卖药。在元人的诗文笔记中，记载着不少赞誊回回神医奇药的篇章，足见其影响之广泛。
　　元代回回药物输入的途径之一，是诸汗国的“进贡”。伊利汗合赞、不赛因诸王先后多次遣使向元廷进贡，在所贡物品中，回回药物占了很大比重，其中多有珍奇之品，如1332年10月，不赛因“遣使贡塔里牙八十八斤”，即属此类。1320年7月回回太医进药“打里牙”(即塔里牙)，一次酬其值竟达15万贯之巨，其进药数量之大足以想见。上述药物的进贡，由于一般均从元廷领取大量的回赐，实际上带有贸易的性质了。
　　忽必列时期采用的促进农业和工商业发展的经济政策，直接或间接促进了中外医药交流的发展。如对外贸易的繁盛，直接带来了与阿拉伯、东南亚等地的药材贸易的兴旺，这不仅是元代中外医药交流的一个重要方式，而且也成为元代中后期这种交流的一个显著特点，元代的对外贸易分陆路和海路，在南宋灭亡以前，陆路贸易是重要的。沿着古代的丝绸之路，商队络绎不绝，通向中亚、西亚和黑海北岸。回回商人是当时对外贸易领域中最活跃的势力，回回药物是他们经营的主要货物之一，有不少回回商人还直接在各地以卖药为业，这种习俗一直延续到元以后。元代统治者对回回药物很感兴越。如自波斯等地运入的橄榄油，他们“皆以重阶收买之，宝藏之，视若无上之药物”，在《回回药方》中可看到不少方剂内运用此药。回回药物输入的另一途径是经海路。据元人汪大渊《岛夷志略》记载，当时中国商船在同波斯湾地区的贸易中，运回不少药材，如甘埋里(今伊朗哲朗岛)的丁香、豆蔻、苏木、麝香；挞吉那(今伊朗塔黑里一带)的水银、硫黄，加里那(今伊朗西南沿岸)的水银、苏木；波斯离(今伊拉克巴土拉)的大风子、肉桂等。元代大量回回药物的输入，及一些回回药物在实际中的应用日益广泛，促进了当时人们对回回药物的认识和研究，某些回回药物并为中国本草学所吸收。逐渐华化为后世所习用的中药。《饮膳正要》在药物方面，也注意“本草有未收者，今即采摭附写”，收载了马思答吉、必思答等一些回回药物。
　　除药物外，当时还有大量回回方剂也输入中国。《史集》提到，当时有一些峻烈的蒙古药剂，被称为“合只儿”，这一名称的语源来自“合迪儿”。而“合迪儿”一词为阿拉伯语“伟大”、“强盛”之意（《波其》拉施特《史集》余大均、周建奇译，第一卷，第一分册，第三1版，北京：商务印书馆，1983：201），显然，这类药剂与阿拉伯医药有着密切关系，在《饮膳正要》、《回回药方》等医著中，尤其是后者，更收录了众多的回回方剂。又如当时蒙古统治者对一种原产于回回地面的校称为“舍儿别”的糖桨制剂很感兴趣。我们知道，糖浆制剂、果实浸剂等是阿拉伯医生在中世纪时的药物实用领域中获得的重要成就，并为阿拉伯医药中习用的药剂。舍儿别即属元代时兴的此类制剂，当时因果品取用之便，元廷下令在闽浙、云南等地专门制造，并作为地方贡物而源源不断输入中原。舍儿别一类制剂，至清代赵学敏《本草纲目拾遗》中尚有记载。现存《回回药方》，（残卷）是研究元代中外医药交流史的一部值得重视的著作，它较为充分地反映了有元一代中外医药交流，尤其是与回回医药在临证实践方面交流的丰硕成果。书中载有一些古回回医人姓名，从现存残卷辫识统计，共约20名左右。这些古回回医人中多有中世记时著名的阿拉伯医药学家。《回回药方》不但是一部反映元代与阿拉伯的医药交流的总结式著作，实质上也是世界范围内东西方长期医药交流与融合在中世纪末的一个宝贵总结，是研究世界医药交流史的一部值得重视的中国医药文献。
　　在回回医药传入中国的同时，中国传统医药也在元代西亚、西南亚主要的伊斯兰国家伊利汗国广为传播。旭烈兀西征时，曾征调汉人匠师上千人随征，其中包括许多中国医生，并带去了中国的医学、历算等各类书籍，这些医生有不少人后来留在伊利汗任职，伊利汗国建立后，伊利诸汗十分注意吸取中国科学、医学、艺术和史学的成就，并对中国文化的西传充当了重要的媒介。1295年，阿鲁浑子合赞继任第七位伊刊国汗，他非常重视与元朝保持密切关系。合赞年功时即受过中国文化的熏陶，及长，通晓中国史事，并略知汉语。他颇有医药知识，熟悉植物及其功用，了解中国特产的草药。合赞患病时，常让中国医生治疗，他还注意招致中国学者帮助伊利汗国发展科学文化，如当他命令纂辑《被赞赏的合赞史》一书时，曾由拉施德丞相招致中国学者李大迟与倪克孙二人协助工作，合赞汗的继任者完者都汗继续遵循了合赞汗上述发展经济文化的各项政策。
　　伊利汗国著名的政治家、医生兼学者拉施德(Rashid al-Din al-Hamdani，拉施德·阿尔丁·阿尔哈姆丹尼，1247～1318)，为中国医学在伊利汗国的传播付出了辛勤劳动。约于13世纪末、14世纪初，他主持译编了一部波斯文的中国医学丛书《伊利汗的中国科学宝藏》，参加编译工作的医生和学者，有波斯人、汉人和波斯裔中国人。这部丛书包括四部中国医著的译本，第一部是《王叔和脉诀》的全译本，说明此时阿拉伯医学对中医脉学的了解较前代更为深入。后面三部书分别介绍了经络针灸、本草、疾病防治与养生等内容（参岳家明《中国医学在伊朗》中华医史杂志1981：14（1）：28）。这部丛书是较早由域外医学家和学者在政府支持下有组织地译编的中国医学专著，它不仅对当时波斯人民了解中国医药文化起了积极的促进作用，在中国医学向西南亚伊斯兰地区的传播史上具有较为重要的意义，也是古代中国与波斯地区各族人民友好往来的历史见证之一。
　　多种中国药材也在蒙元时期输往阿拉伯国家和地区。著名的阿拉伯药学家拜塔尔（1197～1248)所著的《药用植物大全》中。首次收载了大黄、姜、新疆源柏等中药。大约在13世纪，蒙古人通过西夏和畏兀儿地区，将饮茶的习惯传到了亚洲西部。前往波斯湾地区贸易的中国商船，运去不少药材。
　　元代中国医学在伊利汗国的传播，加强了中国医学在阿拉伯地区的影响。元亡后不过半个世纪，郑和曾三至波斯的忽鲁漠斯一地(今位于伊朗东南部的波斯湾旁)，发现该地“医卜、技艺皆类中华”（清·张延玉等《明史》卷326，PS153，第三者版，中华书局点校本，1976），这种现象显然与元代中国医学在当地的传播分不开的。另一方面，由于伊利汗国是当时东西方交流的枢纽之地，而阿拉伯医学又吸收了一些中国医学的内容，因此阿拉伯医学还成了向欧洲传播中因医学的重要媒介。