蒙古族原居于我国北方额尔古纳河密林深处，属于东胡民族系统。七世纪时，我国北方少数民族受唐朝中央政府管辖。其后，辽、金建国，蒙古族在北方曾不断和两国战争。至十二世纪时，蒙古族在成吉思汗(铁木真，1162—1227)领导下，日益强大，于1206年建立蒙古汗国，先后三次大举西征，所到达于中亚、欧洲东部。蒙古族文化原来不很发达，元朝建立以后，极力吸收外族文化。在医药方面，对汉族医药、阿拉伯医药，以及道教养生理论开始重视。以后随着元朝的灭亡，这些吸收外族医药文化的传统，又逐渐消弱。

　　蒙古族医学的形成，据一般说法，它是十六世纪下半叶开始的，特别是它吸收了汉藏两族的医学理论充实了自己。当时的历史背景是：早在十三世纪时，蒙古阔端、忽必烈，先后与藏族红教喇嘛八思巴会见于甘肃凉州和六盘山。后忽必烈即位，封八思巴为国师，藏、蒙两族关系很为融洽。其后，十六世纪时，黄教喇嘛宗喀巴(1357—1419)所领教派得到发展，在蒙古也有广泛影响，并很快成为蒙古族唯一宗教信仰。当时陆续建立许多寺庙，这些寺庙和西藏寺庙一样，它不仅是宗教、政治的中心，同时兼理医学、历算等。至十七世纪初，土默特领主俺答尔汗主持用蒙文翻译藏文本《甘珠尔经》，全书共一百零八函，其中所涉及的医学内容相当不少。

　　另外，西藏五世达赖坐师德西·桑吉加措曾经整理了《四部医典》，并加注释，称《四部医典蓝琉璃》。大约十八世纪时，这部书也传入蒙古，它对于蒙古族医学理论起有重要的指导作用。

　　再有，内蒙乌素图召(在呼和浩特郊外)第三代活佛罗布桑旺札勒，幼年时，曾到青海塔尔寺学经，拜西藏喇嘛松布堪巴为师，后把松布堪巴著作原稿带回雕成经板，其在医学部分很有价值。乌素图召喇嘛擅长蒙医，就是由于它藏有这部经板，学习藏医知识方便的原故，远近知名。

　　根据上述，蒙族医学基本理论与藏族医学大体相同。藏族医学所称人体具有三大要素，七种物质，在蒙医理论中同样存在，内容相似，只不过称“三元”、“七恒”而已。

　　十八、九世纪间，蒙族医生写出很多医学著作，诸如《蒙药本草从新》、《普济杂方》、《蒙药正典》等。

　　除此而外，蒙族与汉族由于地域接近，或交错群居，蒙、汉药物始终互有往来。在民间，蒙古很久以来都在应用汉族某些简易疗法，如清末鲍相XX《验方新编》在蒙古民间流传很广，而蒙古族医生在北京雍和宫给人民治疗疾病，也有一定信誉。

　　但是，还应指出，我国蒙古族长期居于北方，过着游牧生活，善于骑马征战，因此，它对于伤科具有丰富的经验，这早在元代就已体现了较高的治疗水平。至清代，蒙族医生对于伤科治疗，更是为人啧啧称道的。《清史稿》卷五O二记载有：

　　“绰尔济墨尔根氏：蒙古人……善医伤。时白旗先锋鄂硕与敌战，中矢垂毙，绰尔济为拔镞，傅良药，伤寻愈……有患臂屈不伸者，令先以热镬薰蒸，然后斧椎其骨，揉之有声，即愈。”

　　“伊桑阿：乾隆中，以正骨起家……其授徒法，削笔管为数段，包以纸，摩娑之，使其节节皆接合，如未断者然。乃如法接骨，皆奏效。故事，选上三旗士卒之明骨法者，每旗十人，隶上驷院，名‘蒙古医士’。 凡禁廷执事人有跌损者，命医治，限日报痊，逾期则惩治之。”

　　伊希旦金旺吉拉(1853—1906)精通医学，著《珊瑚验方》、《珍珠验方》等书。

　　这些医术，可以肯定说，它与藏族医学不会有直接的关系，而完全是蒙古人民长期在伤科治疗中所积累的丰富经验。

　　其它，如“蒙古正脑术”治疗脑震荡，采取“以震治震，震静结合，先震复静”的治疗原则，以及用马奶酒治疗虚弱病，也是蒙古医学的创造。

　　因此，我们在论述蒙古族医学的源流时，对于它的历史背景、医学发展的情况，以及本民族医学经验的积累，要分别不同情况，给予历史的分析。