创建于1958年。伴随着中医药事业的发展，北京中医药大学东直门医院走过近半个世纪的不平凡历程。经过一代又一代人的不懈努力，北京中医药大学东直门医院已经发展壮大成为集中医、中西医结合医疗、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。她是全国唯一一所进入国家“211工程”建设的高等中医药院校的附属医院，是率先成为全国示范中医医院的全国三级甲等中医院，也是北京市首批列入的医疗保险定点医院。是国家药品监督管理局认定的临床药理基地。在中医院校的附属医院中，是培养国内外中医药人才时间最早、人数最多、层次最高的重要教学基地。也是改革开放以来，最早与国外合作，在欧洲建立中医分院的医疗机构。
        整个医院配套齐全，设有25个临床科室，10个医技科室，有专科专病门诊92个，日门诊量1600多人次。有设施齐备、舒适明亮的病房，现开放15个病区和EICU、SICU、CCU病房，有500张病床。另外在德国开设的分院设有82张病床。
        医院有国家中医药管理局急症中心、中医脑病重点专科、肾病重点专科。中医内科是国家教育部的重点学科。神经内科、内分泌科、呼吸科、血液肿瘤科是国家中医药管理局重点学科。中医外科是北京市重点学科。
        建院45年来，医院专家云集，名医荟萃，技术力量雄厚，培养了工程院院士2名。793名职工中，正副主任医师、教授和相应职称的高级医务人员133人，博士研究生导师30名，硕士研究生导师53名。教学上设立了19个临床教研室。医院努力建设一支以知名专家为中坚，中青年学科带头人为骨干的政治素质好、技术水平高、创新能力强的师资队伍。在临床实践过程中，充分发挥名老中医作用，全体医务人员继承并发扬了传统医学的精华，采用中医药和中西结合诊治疾病的优势，应用中药 、针灸、推拿、手术、介入和康复等多种治疗手段，治疗各种疑难杂病取得了很好效果，在国际上享有很高的声誉，为患者提供了高水平、高质量、人性化的医疗服务，吸引了大批国内外患者，树立了良好的形象。在充分利用中医药优势的同时，近些年来积极开展新技术和新项目（如纳米骨人工植入、关节置换术中导航系统的应用等），不断提高了整体医疗水平，其中多种治疗手段处于国内领先水平，部分处于国际先进水平。
        医院拥有国际先进水平的诊疗设备多台，其中包括磁共振装置（MRI）、四排螺旋CT、单光子发射计算机断层扫描（SPECT）、关节手术导航系统、术中三维放射成像系统、大型成套数字化X线机组、彩色B超、流式细胞仪、各种电子内窥镜、全自动生化分析仪、全自动血气分析仪和先进的重症监护仪及腹腔镜等设备。
        医院作为北京中医药大学重要的临床医学院，承担着国内外培养中医临床本科生、硕士生、博士生的临床授课和临床实习任务。自1958年起，培养了近9000名各种层次的高级中医药人才和900余名来自79个国家和地区的外国留学生。近千名国内进修生。同时，医院也不断派学者赴世界各国交流、合作、让中医药走出国门，在世界上弘扬中国医学。
        医院又是北京中医药大学临床研究所。共设有10个临床研究室，建有Ⅰ级动物实验室、Ⅱ级动物实验室、基础型实验室各一个，应用型实验室两个，其中中医内科学实验室是教育部和北京市的重点实验室。医院在科研上，85年以来共完成国家攻关课题、国家自然基金课题等70余项，获各级科技成果奖60余项。医院承担国家“863”、“973” 攻关等重大课题，其中2001年~2002年度共中标国家自然科学基金项目11项，中标国家十五攻关项目3项，并与十几个医药企业有横向合作关系。科研为医疗和教学奠定了坚实的基础。医院走上了科学管理的道路，采用了信息管理系统，使各种数据的提取更便捷、更科学。